براساس ماده ۶ قانون تأسیس سازمان نظام مهندسی کشاورزی و منابع طبیعی جمهوری اسلامی ایران، شورای مرکزی به عنوان بالاترین مرجع تصمیم گیری سازمان متشکل از پانزده نفر اعضای انتخابی و انتصابی به شرح زیر است:

۱- دو نفر نماینده وزارت جهاد کشاورزی با معرفی وزیر جهاد کشاورزی.

۲- یک نفر با معرفی وزیر علوم، تحقیقات و فنآّوری از اعضای هیأت علمی دانشکده های کشاورزی به عنوان نماینده ایشان

۳- یک نفر متخصص آبیاری با معرفی وزیر نیرو به عنوان نماینده ایشان.

۴- یک نفر متخصص کشاورزی با معرفی رییس سازمان حفاظت محیط زیست به عنوان نماینده ایشان.

۵- ده نفر از متخصصین کشاورزی صاحب نظر در رشته های مختلف علوم کشاورزی و منابع طبیعی به انتخاب اکثریت آرای مجمع نمایندگان شوراهای استانی به عنوان اعضای اصلی و چهار نفر به عنوان اعضای علی البدل.

تبصره ۱- شورای مرکزی برای اولین بار از نمایندگان بندهای ۱ تا ۴ ماده ۶ قانون تأسیس سازمان و نمایندگان انتخابی شورای استانها) هر استان دو نماینده) در تهران تشکیل می شود تا نسبت به انجام  امور مشروحه در قانون تأسیس ظرف مدت شش ماه اقدام کند.

تبصره ۲- معرفی اعضای انتصابی باید ظرف مدت دو ماه پس از لازم الاجرا شدن قانون صورت بگیرد.

تبصره ۳- شورای مرکزی در اولین جلسه خود نسبت به انتخاب رییس و نواب رییس و دبیر شورا اقدام می نماید.

تبصره ۴- دوره فعالیت شورای مرکزی چهار سال است و انتخاب مجدد اعضاء برای دوره های بعدی مجاز است .